Nucleotide Diversity

Nucleotide diversity는 무엇인가요?

1. High nucleotide diversity: Library가 sequencing의 모든 cycle에서 4개의 nucleotides를 거의 동등한 비율로 골고루 가지고 있는 상태를 의미합니다.
2. 아래 그림에서 well-balanced 상태와 unbalanced 상태의 diversity와 base-balance를 나타내고 있습니다. 그리고 이런 상태가 Sequencing Analysis Viewer(SAV)의 % base plot에서 어떻게 반영되어 나타나는지 보여주고 있습니다.

[fig 1] Illustrates of the diversity and base-balance

Nucleotide diversity는 왜 중요한가요?

1. Nucleotide diversity는 효과적인 template 생성에 필요하며 high-quality data 생산에 중요합니다.
2. Diversity는 MiniSeq, MiSeq, NextSeq, 그리고 HiSeq 1000-2500 system에서 첫 번째 sequencing read의 4~7 cycles 동안 중요합니다. Sequencing software는 template generation이라 불리는 과정에서 이런 앞 부분 cycles의 image들을 사용하여 각 cluster의 위치를 확인합니다.
3. Diversity는 또한 첫 25 cycle에서도 중요한데, phasing/pre-phasing, color matrix corrections, 그리고 pass filter calculations가 일어나는 과정이기 때문입니다.
4. Real-Time Analysis(RTA) software는 적절한 양의 PhiX 투입이 필요합니다. 이와 관련된 내용은 here에서 찾아볼 수 있습니다.

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https://support.illumina.com/bulletins/2016/07/what-is-nucleotide-diversity-and-why-is-it-important.html